Christoph Daferner wurde in Pöttmes in Bayern geboren und durchlief die Jugend des TSV Pöttmes, JFG Neuburg, dem FC Augsburg und dem TSV 1860 München. Dort gelang ihm der Sprung in die U23 der Löwen bevor er 2019 zur U23 des SC Freiburg wechselte. Nach einer Leihe zur Mannschaft im Erzgebirge wechselte Christoph Daferner 2020 erstmals zur SGD an die Elbe. Im Juli 2022 schloss sich Daferner dann dem 1. FC Nürnberg in der 2. Bundesliga an, wo er im Winter 2024 zu Fortuna Düsseldorf verliehen wurde und mit den Fortunen in der Relegation knapp den Aufstieg in die 1. Bundesliga verpasste. Im Juli 2024 folgte dann erneut per Leihe seine Rückkehr nach Dresden.
